Το αποκαλούμενο σπήλαιο του Πυθαγόρα, βρίσκεται στους πρόποδες του όρους Κέρκη και σύμφωνα με την παράδοση εδώ κατέφυγε ο μεγάλος αρχαίος φιλόσοφος Πυθαγόρας κυνηγημένος από τον τύραννο της Σάμου Πολυκράτη (άλλοι λένε ότι απλά ερχόταν εδώ για να σκεφτεί). Μέσα στο πολύ όμορφο και ιδιαίτερο σπήλαιο βρίσκεται εκκλησάκι της Παναγίας, το οποίο χτίστηκε από τον όσιο Παύλο τον Λατρινό που ασκήτεψε στο σπήλαιο ακολουθώντας τα βήματα του Πυθαγόρα.

Στο σπήλαιο μπορείτε να φτάσετε από το Μαραθόκαμπο, διανύοντας απόσταση περίπου 5 χιλιομέτρων, ενώ για να βρεθείτε στην είσοδό του θα χρειαστεί να ανεβείτε περίπου 300 σκαλοπάτια. Το σπήλαιο και η θέα που σας προσφέρει αξίζουν σίγουρα τον κόπο.