Σε απόσταση χιλιομέτρων από το Πυθαγόρειο βρίσκεται ο περίφημος Ναός της Ήρας, ή αλλιώς Ηραίο. Τα ερείπια του που βρίσκονται διάσπαρτα σε μεγάλη έκταση μας δίνουν μια αίσθηση από τη μεγαλοπρέπεια που διέθετε ο ναός στην ακμή του.

Η ελληνική μυθολογία αναφέρει ότι πιθανώς η Σάμος αποτελεί τον τόπο γέννησης της θεάς Ήρας, συζύγου του Δία. Έτσι στο νησί ανεγέρθηκε ναός προς τιμήν της από τα πολύ αρχαία χρόνια, ναός που εξελίσσεται με τον καιρό.

Την εποχή του τυράννου Πολυκράτη ο Ναός της Ήρας παίρνει την τελική του μορφή. Είναι δίπτερος (είχε δηλαδή δύο σειρές κολώνες) ιωνικού ρυθμού και διαθέτει 155 κολώνες, από τις οποίες μόνο μια κολώνα στέκει ακόμα όρθια σε πείσμα των καιρών, στο μισό από το αρχικό της ύψος. Ένας δρόμος στρωμένος με πέτρα, η λεγόμενη Ιερά Οδός συνέδεε τον ναό με την πρωτεύουσα (το σημερινό Πυθαγόρειο)

Ο Ηρόδοτος αναφέρει ότι το Ηραίο ήταν ο μεγαλύτερος και επιβλητικότερος ναός της εποχής του. Όπως δείχνουν τα ευρήματα των ανασκαφών (τα οποία εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Σάμου), η λατρεία της Ήρας είχε ξεπεράσει τα όρια του Ελλαδικού χώρου, καθώς υπάρχουν αναθήματα από την Αίγυπτο, την Κύπρο ακόμα και τη Μέση Ανατολή. Ο Ναός της Ήρας αποτελεί Μνημείο Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO και έναν προορισμό που πρέπει οπωσδήποτε να επισκεφθείτε.