Το Αγκίστρι σε αρχαία κείμενα συναντάται με το όνομα Κεκρυφάλεια που σημαίνει «στολισμένο κεφάλι». Στον Όμηρο γίνεται αναφορά για τη συμμετοχή του στον Τρωικό Πόλεμο στο πλευρό της Αίγινας.

Τα αρχαιολογικά ευρήματα φανερώνουν ότι το νησί κατοικείται τουλάχιστον από τον 5ο αιώνα π.Χ. Ιδιαίτερα ιστορικά στοιχεία δεν υπάρχουν, εκτός από το γεγονός ότι σχεδόν ερημώνει κατά τον 17ο αιώνα λόγω συχνών πειρατικών επιδρομών. Μετά την κήρυξη της επανάστασης το 1821, κάτοικοι αρχίζουν σταδιακά να επιστρέφουν στο νησί. Έτσι το 1835 που δημιουργείται η πρώτη Κοινότητα Αγκιστριού αριθμεί περίπου 250 κατοίκους.