Η Σχοινούσα πιθανολογείται ότι οφείλει το όνομά της στο σχίνο, το φυτό που συναντάμε σε όλο το νησί, ενώ μια άλλη εκδοχή τη θέλει να «βαφτίζεται» από τον Ενετό Σχινόζα.

Με βάση τα αρχαιολογικά ευρήματα η Σχοινούσα κατοικείται ήδη από την εποχή όπου εμφανίζεται ο πρωτοκυκλαδικός πολιτισμός. Στο νησί έχουν βρεθεί κατάλοιπα διαφόρων οικισμών από την αρχαία εποχή καθώς και τα ελληνιστικά και ρωμαϊκά χρόνια.

Κατά τη Βυζαντινή περίοδο η Σχοινούσα θα γνωρίσει σχετική ανάπτυξη, ενώ αργότερα θα δεχθεί πολλές πειρατικές επιδρομές και κατά πάσα πιθανότητα θα μετατραπεί και σε ορμητήριο πειρατών κάτι που προκύπτει και από αρκετά τοπωνύμια (Σπηλιά του Μανιάτη ή Πειρατή κλπ).

Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας το νησί ερημώνει και μόνο μετά την απελευθέρωση θα κατοικηθεί ξανά, όταν θα εγκατασταθούν στη Σχοινούσα οικογένειες από την Αμοργό.