Στη Σχοινούσα μπορείτε να φτάσετε με πλοίο από το λιμάνι του Πειραιά ή κάνοντας Island hopping από διάφορα άλλα νησιά στις Κυκλάδες. Μέσα στο νησί μπορείτε να μετακινηθείτε μόνο με ιδιωτικό όχημα ή με τα πόδια.