Σύμφωνα με τα αρχαιολογικά ευρήματα τα Κουφονήσια κατοικούνται ήδη από την προϊστορική εποχή και πιθανότατα υπήρξαν σημαντικά κέντρα του πρωτοκυκλαδικού πολιτισμού. Ανασκαφές έχουν φέρει στο φως ευρήματα τόσο από την κλασική εποχή όσο και από τα ελληνιστικά και τα ρωμαϊκά χρόνια.

Τα Κουφονήσια ακολουθώντας την ιστορική πορεία των υπολοίπων Κυκλάδων κατακτήθηκαν από τους Βενετούς (ως τμήμα του Δουκάτου της Νάξου) και, με την έλευση του Μπαρμπαρόσα, από την Οθωμανική Αυτοκρατορία. Όλα αυτά τα χρόνια το νησί αποτελούσε στόχο αλλά κυρίως ορμητήριο πειρατών που λυμαίνονταν τότε το Αιγαίο.

Το 1821 τα Κουφονήσια ξεσηκώνονται μαζί με την υπόλοιπη Ελλάδα εναντίον των Τούρκων και θα αποτελέσουν από την πρώτη στιγμή τμήμα του νεοσύστατου ελληνικού κράτους.