Η Αντίπαρος, όπως φαίνεται από τα ευρήματα, κατοικείται ήδη από τη Νεολιθική εποχή. Συγκεκριμένα στη νησίδα Σάλιαγκος έχει εντοπιστεί ένας από τους αρχαιότερους οικισμούς στις Κυκλάδες, που χρονολογείται τουλάχιστον στα τέλη της 5ης χιλιετίας π.Χ.

Από την 3η χιλιετία και ύστερα η περιοχή με την Πάρο, την Αντίπαρο αλλά και το Δεσποτικό γνωρίζει μεγάλη ανάπτυξη. Κατά την αρχαιότητα η Αντίπαρος ήταν γνωστή ως Ωλίαρος και το γειτονικό Δεσποτικό ως Πρεπέσινθος.

Το 1207 η Αντίπαρος ενσωματώνεται στο δουκάτο της Νάξου, παρέχοντας μεταξύ άλλων και 30 μόνιμους κωπηλάτες στα πλοία του. Τον 15ο αιώνα το νησί περνάει στον έλεγχο της βενετσιάνικης οικογένειας Λορεντάνο ως προικώο μετά από γάμο. Ο καινούργιος άρχοντας Λορεντάνο έφερε νέους κατοίκους στην Αντίπαρο και οικοδόμησε το κάστρο του νησιού. Το 1537 ο διαβόητος κουρσάρος Μπαρμπαρόσα καταλαμβάνει την Αντίπαρο, η οποία λίγο αργότερα ενσωματώνεται στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Μέχρι και το 1821 και την Ελληνική Επανάσταση η Αντίπαρος αποτελεί στόχο πειρατικών επιδρομών και υποφέρει από συχνές λεηλασίες και καταστροφές. Με τα πρωτόκολλα του Λονδίνου το 1830 και το 1832 η Αντίπαρος, που τότε είχε 200 κατοίκους, ενσωματώνεται στο ελληνικό κράτος.

Κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο αποτέλεσε μυστική ναυτική βάση των Συμμάχων, ενώ σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη του πολέμου φέρεται ότι είχε η «Επιχείρηση Αντίπαρος», που στοίχησε τη ζωή αρκετών Ελλήνων και ξένων μαχητών.