Σύμφωνα με τα ευρήματα η Αμοργός ήδη κατοικείται από την 4η χιλιετία π.Χ., ενώ υπήρξε σημαντικό κέντρο του Κυκλαδικού πολιτισμού. Κατά την αρχαιότητα στην Αμοργό άκμασαν τρεις πόλεις-κράτη, η κάθε μια με το δικό της νόμισμα που αποτελούσε δείγμα οικονομικής ευμάρειας. Στα βόρεια του νησιού βρισκόταν η Αιγιάλη, εκεί που και σήμερα βρίσκεται ο ομώνυμος οικισμός, η οποία θεωρείται αποικία Μιλησίων. Στο κέντρο του νησιού, κοντά στα Κατάπολα βρισκόταν η Μινώα, που άλλοι τη θεωρούν αποικία Μινωιτών (κάτι που αιτιολογεί και το όνομα) και άλλοι Σαμίων ενώ στα νότια ήταν η Αρκεσίνη πιθανότατα αποικία Ναξίων.

Κατά τα Ρωμαϊκά χρόνια η Αμοργός αποτελεί τόπο εξορίας, στη συνέχεια θα βρεθεί στα χέρια των Βυζαντινών, ενώ μετά την πρώτη άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1204 θα γνωρίσει διάφορους ξένους ηγεμόνες όπως ο Μάρκος Σανούδος, οι αδερφοί Γκίζι και η οικογένεια Κουιρίνι. Αν και οι Ενετοί οχύρωσαν κάπως το νησί, χτίζοντας το Κάστρο Χώρας, οι συνεχόμενες πειρατικές και άλλες επιδρομές φαίνεται ότι ήταν ένας από τους βασικούς λόγους που δεν επέτρεψαν στην Αμοργό να αναπτυχθεί.

Το 1537 μετά από επιδρομή του διαβόητου Μπαρμπαρόσα η Αμοργός θα περιέλθει στην Οθωμανική αυτοκρατορία, από την οποία θα απαλλαχθεί οριστικά και αμετάκλητα με την Ελληνική Επανάσταση του 1821 και θα αποτελέσει από την πρώτη στιγμή τμήμα του νεοσύστατου ελληνικού κράτους.