Τα ευρήματα στον πρωτοκυκλαδικό οικισμό Σκάρκου φανερώνουν ότι η Ίος ήδη κατοικείται οργανωμένα από το 2.800 π.Χ. Πρώτοι κάτοικοί της θεωρούνται οι Κάρες, τους οποίους ακολούθησαν Μινωίτες, Φοίνικες και Ίωνες.

Για το όνομά της υπάρχουν διάφορες εκδοχές με επικρατέστερη αυτή που θέλει το όνομα Ίος να προκύπτει από τα πολλά ία (=λουλούδια) που φύτρωναν στο νησί. Αξίζει να αναφερθεί και η εκδοχή που θέλει το όνομα να προέρχεται από τη φοινικική λέξη «ίος» που σημαίνει πέτρα.

Σύμφωνα με αρκετές πηγές της εποχής από την Ίο καταγόταν η μητέρα του Ομήρου, του δημιουργού της Ιλιάδας και της Οδύσσειας. Μάλιστα στη θέση Πλακωτό θεωρείται ότι βρίσκεται και ο τάφος του Ομήρου.

Κατά την αρχαιότητα η Ίος ανήκει στην Αθηναϊκή συμμαχία και όταν αυτή καταρρέει περνάει υπό Μακεδονική κατοχή. Ακολουθούν οι Ρωμαίοι, οι Βυζαντινοί και οι Ενετοί για να περάσει στα χέρια των Τούρκων το 1537 μετά τις επιδρομές που έκανε στην Κυκλάδες ο διαβόητος Μπαρμπαρόσα. Σε όλο αυτό το διάστημα το νησί δέχεται πειρατικές επιδρομές, ενώ διάφορες φήμες θέλουν και πειρατές ανάμεσα στους μόνιμους κατοίκους του.

Μόλις ξέσπασε η Ελληνική Επανάσταση το 1821, η Ίος αμέσως ξεσηκώνεται και αυτή εναντίον των Τούρκων. Μετά την απελευθέρωση η Ίος αποτελεί από την πρώτη στιγμή τμήμα του νεοσύστατου ελληνικού κράτους.