Όπως μαρτυρούν τα ευρήματα το Ρέθυμνο κατοικείται ήδη από τη Νεολιθική εποχή, όμως η ακμή της περιοχής συμπίπτει με την άνοδο του Μινωικού πολιτισμού.

Με την κατάρρευση του Μινωικού πολιτισμού η Κρήτη θα δεχθεί διαδοχικές εισβολές. Πρώτοι θα καταφθάσουν οι Δωριείς, οι οποίοι ιδρύουν τις δικές τους πόλεις. Θα τους ακολουθήσουν οι Ρωμαίοι, οι οποίοι θα εγκατασταθούν στο νησί και φυσικά και στο νομό Ρεθύμνου, οι Βυζαντινοί και για λίγο οι Άραβες.

Μετά την πρώτη Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους σταυροφόρους, η Κρήτη θα καταλειφθεί από τους Ενετούς. Εκείνοι αντιλαμβανόμενοι τη στρατηγική σημασία του λιμανιού του Ρεθύμνου θα σπεύσουν να οχυρώσουν την πόλη χτίζοντας τη Φορτέτζα. Στα χέρια των Ενετών η Κρήτη και το Ρέθυμνο θα γνωρίσει οικονομική αλλά και πολιτιστική άνθηση.

Όλα αυτά θα τερματιστούν βιαίως το 1669 όταν η Κρήτη θα πέσει στα χέρια των Τούρκων. Από εκείνη τη στιγμή, όλη η Κρήτη και φυσικά και το Ρέθυμνο, έχει το νου της στο πως θα αποτινάξει τον Τουρκικό ζυγό. Οι Ρεθυμνιώτες συμμετέχουν σε μια σειρά από εξεγέρσεις, στην Ελληνική Επανάσταση το 1821, ενώ κορυφαία αγωνιστική τους στιγμή αποτελεί το ολοκαύτωμα στη Μονή Αρκαδίου το 1866.

Το Ρέθυμνο μαζί με την υπόλοιπη Κρήτη θα επιτύχει να ενωθεί με την Ελλάδα μετά τους Βαλκανικούς Πολέμους, όμως οι κρητικοί θα έχουν μια ακόμα ευκαιρία να αποδείξουν την αναμφισβήτητη λεβεντιά τους κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο και την περίφημη Μάχη της Κρήτης.