Οι αρχαιολογικές έρευνες δείχνουν ότι η Πάτμος κατοικείται τουλάχιστον από την Εποχή του Χαλκού. Κατά την κλασική περίοδο και τουλάχιστον έως την ελληνιστική περίοδο η Πάτμος φαίνεται να εξαρτάται από τη Μίλητο. Δεν υπάρχουν πολλά στοιχεία ή αναφορές από την εποχή εκείνη, γεγονός που υποδεικνύει πως η Πάτμος ήταν μάλλον ασήμαντη.

Στη συνέχεια η Πάτμος θα περιέλθει υπό ρωμαϊκή κατοχή και θα αποτελέσει τόπο εξορίας για τους ανεπιθύμητους της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Ένας τέτοιος εξόριστος φαίνεται ότι ήταν και ο Άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος, ο πιο αγαπημένος μαθητής του Χριστού. Στην Πάτμο, στο διάσημο σήμερα σπήλαιο της Αποκάλυψης, φέρεται σύμφωνα με τη χριστιανική παράδοση ότι συνέγραψε το 95 μ.Χ. το τελευταίο από τα 27 βιβλία που αποτελούν την Καινή Διαθήκη, την Αποκάλυψη.

Τους επόμενους αιώνες η Πάτμος είναι σχεδόν έρημη. Έτσι το 1088 ο μοναχός Χριστόδουλος και μετέπειτα Όσιος Χριστόδουλος ζητά και παίρνει από τον Αυτοκράτορα του Βυζαντίου Αλέξιο Α’ Κομνηνό την κυριότητα του νησιού για να ιδρύσει μοναστήρι. Πράγματι ιδρύεται η Μονή Αγίου Ιωάννη Θεολόγου που θα δώσει ζωή στην Πάτμο καθώς θα αναπτυχθεί μεγάλη πνευματική αλλά και οικονομική δραστηριότητα.

Το 1207 η Πάτμος περνάει στα χέρια των Βενετών ενώ όταν θα την καταλάβουν οι Οθωμανοί θα παραχωρήσουν πολλά προνόμια στη Μονή που θα συνεχίσει τη λειτουργία της, και μαζί με αυτή και την οικονομική ανάπτυξη του νησιού.

Η Πάτμος αν και ξεσηκώθηκε μαζί με την υπόλοιπη Ελλάδα το 1821 θα παραμείνει στα χέρια των Τούρκων μέχρι το 1912, όταν μαζί με τα υπόλοιπα Δωδεκάνησα θα περιέλθει υπό Ιταλική κατοχή. Το «μαρτύριό» της θα λήξει οριστικά το 1948, όταν θα ενσωματωθεί οριστικά και αμετάκλητα στο ελληνικό κράτος.