Η περιοχή των Χανίων φαίνεται ότι κατοικείται ήδη από τη Νεολιθική εποχή. Κατά την αρχαιότητα αναδείχθηκαν αρκετές πόλεις-κράτη όπως η Κυδωνία (στη θέση που βρίσκονται σήμερα τα Χανιά)η Φαλάσαρνα και η Άπτερα. Στη συνέχεια την περιοχή καταλαμβάνουν οι Ρωμαίοι και ακολουθούν δυο περίοδοι Βυζαντινής κατοχής (395 με 824 και 961 με 1204) με τη μεσολάβηση της Αραβοκρατίας. Μάλιστα κατά τη δεύτερη Βυζαντινή περίοδο η πρωτεύουσα της περιοχής αποκτά το σημερινό της όνομα, Χανιά.

Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1204 Ενετοί και Γενοβέζοι ανταγωνίζονται για τον έλεγχο των Χανίων με τους Ενετούς να επικρατούν τελικά το 1285. Οι Ενετοί οχυρώνουν τα Χανιά και η περιοχή γνωρίζει οικονομική και πολιτιστική ανάπτυξη.

Το 1645 τα Χανιά θα πέσουν στα χέρια της Οθωμανικής αυτοκρατορίας μετά από δίμηνη πολιορκία με τεράστιες απώλειες και στις δύο αντιμαχόμενες πλευρές, ιδιαίτερα όμως από τους Τούρκους.
Με το ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης του 1821 θα ξεσπάσουν και πάλι συγκρούσεις μεταξύ των ντόπιων και των Τούρκων κατακτητών με σημαντικές απώλειες.

Το 1898 τα Χανιά γίνονται πρωτεύουσα της ημιαυτόνομης Κρητικής Πολιτείας, όμως αυτή η αυτονομία δεν ήταν αρκετή για τους Κρητικούς. Έτσι το 1905 ο Ελευθέριος Βενιζέλος κήρυξε την Επανάσταση του Θέρισου με μοναδικό αίτημα την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Η ένωση θα επιτευχθεί τελικά μετά τους Βαλκανικούς Πολέμους το 1913 με τον ίδιο στη θέση του πρωθυπουργού της Ελλάδας.

Σημαντική στιγμή στην ιστορία του νομού Χανίων είναι η Μάχη της Κρήτης, όταν οι κάτοικοι του νησιού προέβαλαν σθεναρή αντίσταση στο επίλεκτο σώμα Γερμανών αλεξιπτωτιστών που προσπάθησε να καταλάβει την Κρήτη, κάτι που τελικά πέτυχε αλλά μετά από πολύ μεγάλες απώλειες.