Η ιστορία της Σαντορίνης είναι άμεσα συνδεδεμένη με το ηφαίστειο. Με βάση τα ευρήματα του Ακρωτηρίου, η Σαντορίνη (που τότε είχε κυκλικό σχήμα) κατοικείται ήδη από την 3 χιλιετία π.Χ. Περίπου το 1600 π.Χ γίνεται η μινωική έκρηξη που βυθίζει ένα κεντρικό κομμάτι του νησιού, δημιουργώντας την καλντέρα (υποθαλάσσιο κρατήρα) έκτασης περίπου 83 τετραγωνικών χιλιομέτρων. Κάποιοι ερευνητές εξαιτίας αυτής της έκρηξης ταυτίζουν τη Σαντορίνη με την μυθική Ατλαντίδα. Την Σαντορίνη αποίκησαν οι Λακεδαιμόνιοι που της έδωσαν το όνομα του βασιλιά τους, Θήρα. Με την άνοδο της Βυζαντινής αυτοκρατορίας, το νησί περνάει στον έλεγχο των βυζαντινών και μετά το 1204 και τη Φραγκοκρατία στους Ενετούς. Οι Ενετοί είναι αυτοί που βαφτίζουν το νησί Σαντορίνη από την εκκλησία της Αγίας Ειρήνης (Santa Irina).

Το 1537 η Σαντορίνη όπως και τα υπόλοιπα νησιά των Κυκλάδων δέχεται τις επιδρομές του διαβόητου Μπαρμπαρόσα και σε σύντομο χρονικό διάστημα περνά στα χέρια των Οθωμανών. Κατά τη διάρκεια της Οθωμανικής κυριαρχίας η Σαντορίνη απολαμβάνει εμπορικά προνόμια και αναπτύσσεται οικονομικά. και μετά την επανάσταση του 1821 ενώνεται με το νεοσύστατο Ελληνικό κράτος. Αυτό αποτελεί έναυσμα και αφορμή για μια μεγάλη περίοδο εμπορικής και ναυτιλιακής ακμής . Ο 20ος αιώνας και οι παγκόσμιοι πόλεμοι «φρενάρουν» την ανάπτυξη της Σαντορίνης, ενώ ο μεγάλος σεισμός του 1956 μοιάζει να της δίνει τη χαριστική βολή. Και όμως, μέσα από τις στάχτες της (σχεδόν κυριολεκτικά) η Σαντορίνη αναγεννιέται και χάρη στο ηφαίστειο και την καλντέρα γίνεται κορυφαίος τουριστικός προορισμός και ζει μια νέα χρυσή εποχή.