Στα Κουφονήσια μπορείτε να φτάσετε με πλοίο από τα λιμάνια του Πειραιά και της Ραφήνας αλλά και κάνοντας island hopping από άλλα νησιά στις Κυκλάδες. Το Κάτω Κουφονήσι συνδέεται με καΐκι με το Άνω Κουφονήσι.