Στη Φολέγανδρο μπορείτε να φτάσετε με πλοίο από το λιμάνι του Πειραιά ή κάνοντας island hopping από κάποιο άλλο νησί στις Κυκλάδες. Στη Φολέγανδρο μπορείτε να μετακινηθείτε με λεωφορείο, ταξί ή καραβάκι που κάνει το γύρο του νησιού.